Untuk terus dapat menghadirkan kesempatan belajar yang berkualitas tinggi namun tetap mudah diakses bagi mahasiswa dan masyarakat, maka Program Studi Ilmu Komputer Undiksha menggandeng institusi-insitusi mitra terkait yang kompeten. Beragam bentuk kerja sama telah dilakukan untuk dapat menunjang kegiatan pendidikan/pengajaran, riset, dan implementasi bidang keilmuan bagi masyarakat. Tidak hanya dengan institusi pendidikan, Program Studi Ilmu Komputer Undiksha juga menjalin kerja sama dengan mitra di dunia usaha dan dunia industri (DUDI) untuk dapat menjamin lulusan yang dihasilkan memiliki karakter dan kualifikasi yang dibutuhkan di dunia kerja nantinya. Dalam bidang pendidikan, Program Studi Ilmu Komputer Undiksha telah melaksanakan program-program pertukaran mahasiswa maupun dosen dengan institusi-insitusi pendidikan dalam maupun luar negeri. Program praktisi mengajar juga telah menjadi agenda rutin dengan menghadirkan tenaga-tenaga profesional di dunia industri untuk membagikan ilmu dan pengalamannya kepada mahasiswa. Program Studi Ilmu Komputer Undiksha juga telah menjalin kerja sama dengan beberapa institusi yang dapat memberikan kebermanfaatan dalam bentuk materi belajar melalui program akademinya serta kesempatan untuk menempuh sertifikasi kompetensi bertaraf internasional seperti Microsoft, AWS, dan Oracle.
Mitra kerja sama institusi pendidikan formal lainnya juga digandeng untuk dapat memberikan program-program unggulan peningkatan kualitas pendidikan di mana mahasiswa memiliki kesempatan untuk mengikuti beberapa program atau mata kuliah di luar program studi, baik institusi dalam maupun luar negeri. Program dalam bentuk join teaching maupun pertukaran mahasiswa telah dilakukan seperti perguruan-perguruan tinggi dalam negeri melalui program kementerian, program joint teaching dengan Institute of Technology of Cambodia (ITC) Kamboja, serta program outbound mahasiswa dengan Ming Chi University of Technology (MCUT) Taiwan, Mariano Marcos State University (MMSU) Filipina, dan Don Mariano Marcos Memorial State University (DMMMSU) Filipina. Program peningkatan kualitas pendidikan juga dilakukan melalui Fast Track Program 3+2 di mana mahasiswa berkesempatan untuk menyelesaikan skripsinya berlanjut dengan menempuh program S2 di MCUT Taiwan.
Kehadiran DUDI sudah tentu akan memberikan nilai tambah yang sangat berarti. Oleh sebab itu, Program Studi Ilmu Komputer telah menjalin kerja sama dengan beberapa instansi dalam menghasilkan lulusan yang berkualitas. Bentuk program kerja sama yang dimiliki adalah dalam bentuk program yang mendukung implementasi indikator kinerja utama (IKU) yang telah ditetapkan oleh pemerintah, di antaranya program praktisi profesional mengajar di kelas, mahasiswa melakukan magang atau praktik kerja lapangan, serta kesempatan melaksanakan penelitian dan pengabdian terbimbing di masyarakat dan DUDI.
